Ausgehend von einer biologischen Frage kann ein ChIP-on-chip -Experiment in drei Hauptschritte unterteilt werden: Der erste besteht darin, das Experiment durch Auswahl des geeigneten Array- und Sondentyps einzurichten und zu gestalten. Zweitens wird das eigentliche Experiment im Nasslabor durchgeführt. Zuletzt werden während des Trockenlaborteils des Zyklus gesammelte Daten analysiert, um entweder die ursprüngliche Frage zu beantworten oder zu neuen Fragen zu führen, damit der Zyklus erneut beginnen kann.
Wet-Lab-Teil des Workflows
Im ersten Schritt wird das interessierende Protein (POI) mit der DNA -Stelle vernetzt, an die es in einer In-vitro-Umgebung bindet. Üblicherweise erfolgt dies durch eine sanfte Formaldehydfixierung, die mit Wärme reversibel ist.
Dann werden die Zellen lysiert und das DNA durch Ultraschallbehandlung oder unter Verwendung von Mikrokokken-Nuklease geschert. Dies führt zu doppelsträngigen Stücken von DNA -Fragmenten mit einer natürlichen Länge von 1 kb oder weniger. Diejenigen, die mit dem POI vernetzt waren, bilden eine POI-DNA complex .
Bild 127A | Workflow-Übersicht eines ChIP-on-chip -Experiments. | Zirguezi / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ChIP-on-chip_workflow_overview.svg) von Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
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