Die (automatisierte) ribosomale intergene Spacer-Untersuchung oder (A) RISA (Abbildung 3) nutzt die Tatsache, dass prokaryotisch DNA für zwei hochkonservierte Gene, das 16SrRNA-Gen und das 23SrRNA-Gen, kodiert. Diese codieren die Gene der kleinen und großen Untereinheit im rRNA-Operon. Zwischen diesen beiden Genen befindet sich eine interne transkribierte Spacer-Region (ITS). Aufgrund der Tatsache, dass es nicht für Proteine kodiert, ist es eine sehr variable Nukleotidverkettung und -länge. Sobald DNA aus einer Gemeinschaft isoliert ist, amplifiziert PCR diese Spacer-Region. Die Fragmente können auf einem Gel (RISA) ausgehen oder die fluoreszierenden Primer können in Peaks in Fülle der ungleichen Fragmentlängen auf einem Elektropherogramm (ARISA) übersetzt werden.
Datenausgabe und Interpretation
Aufgrund variabler nichtkodierender Regionen ist die Ausgabe für RISA ein Gel mit unähnlichen Bandenmustern, und die Ausgabe für ARISA ist ein Elektropherogramm mit unähnlichen Peaks (ähnlich wie bei T-RFLP).
Bild 141A | Abbildung 2. Die mikrobielle Fingerabdrucktechnik namens Denaturing Gradient Gel Electrophoresis. Das Diagramm zeigt, wie Proben aus unähnlichen mikrobiellen Gemeinschaften verglichen werden können. | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_DGGE_analysis_in_microbiology.pdf) von Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
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