Im Allgemeinen werden für ein typisches Experiment zur RNA-Sequenzierung von Massenzellen (RNA-seq) zehn Millionen Analysen generiert und ein Gen mit einem Schwellenwert von mehr als 50 Analysen pro kb pro Million Analysen (RPKM) als exprimiert betrachtet. Für ein Gen mit einer Länge von 1 kb entspricht dies 500 Analysen und einem minimalen Variationskoeffizienten (CV) von 4% unter der Annahme der Poisson-Verteilung. Für eine typische Säugetierzelle, die 200.000 mRNA enthält, müssen Sequenzierungsdaten von mindestens 50 Einzelzellen in der Regulierung gepoolt werden, um diesen minimalen CV-Wert zu erreichen. Aufgrund der Wirksamkeit des umgekehrten Kopierens und eines anderen in den Experimenten eingeführten Rauschens sind jedoch mehr Zellen für eine genaue Form der Expressionsanalyse und die Identifizierung des Zelltyps erforderlich.
Einzelzell DNA -Templatstrangsequenzierung
Die Einzelzell DNA -Templatstrangsequenzierung oder Strangsequenz ist eine Technik zur selektiven Sequenzierung der Eltern-Template-Stränge einer Tochterzelle. Diese Technik hat viele Anwendungen, einschließlich der Identifizierung von Schwesterchromatidaustauschen in der Elternzelle vor der Segregation, der Identifizierung von falsch ausgerichteten Contigs während der Ausrichtung von Analysen auf das Referenzgenom und der Bewertung der nicht zufälligen Segregation von Schwesterchromatiden.
Bild 261A | Einzelzell- Sequenzierungsworkflow RNA | Yijyechern / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:RNA-Seq_workflow-5.pdf) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
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